หนังสือพิมพ์มติชนได้วิเคราะห์ "6 โจทก์" ซึ่งอาจเป็นผู้บงการการลอบสังหาร ได้แก่[6]

1. เหตุพิพาทกับ พล.ต.อ.สันต์ ศรุตานนท์ อดีตผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เมื่อครั้งที่ พล.ต.ขัตติยะ ได้ให้สัมภาษณ์ถึงการปฏิบัติหน้าที่ของ พล.ต.อ.สันต์ ถึงนโยบายการปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ ว่าทำให้ภาคใต้ "ลุกเป็นไฟ" และเป็นที่มาของการฆ่าตัดตอน พล.ต.อ.สันต์ ถึงกับประกาศเป็นศัตรูกัน
2. ความขัดแย้งกับกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย กรณีการยิงเอ็ม 79 เข้าใส่กลุ่มคนเสื้อเหลืองหลายครั้งระหว่างการชุมนุมเมื่อปี พ.ศ. 2551 ซึ่งเชื่อกันว่า เสธ.แดง อยู่เบื้องหลัง
3. ความขัดแย้งกับกองทัพ ในกรณีที่ พล.ต.ขัตติยะใช้คำพูดหยามศักดิ์ศรี เรื่องความเป็นตุ๊ดเป็นแต๋วของนายทหารระดับนายพลในกองทัพ รวมไปถึงกรณีการเสียชีวิตของ พล.อ.ร่มเกล้า ธุวธรรม เนื่องจากถูกกระสุนที่ศีรษะ ซึ่งคาดว่าเป็นการกระทำของ "คนชุดดำ"
4. ความขัดแย้งภายในกลุ่มคนเสื้อแดง ระหว่างกลุ่มเคลื่อนไหวที่มีวีระ มุสิกพงศ์เป็นผู้นำ กับกลุ่ม "ฮาร์ดคอร์" ที่มีเสธ.แดง เป็นผู้นำ โดย พล.ต.ขัตติยะ ได้ประกาศว่าจะแต่งตั้ง อริสมันต์ พงษ์เรืองรอง เป็นแกนนำทันทีถ้ากลุ่มของ วีระ มุสิกพงศ์เลิกการชุมนุมโดย อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ยังไม่ยุบสภาหรือลาออก ซึ่งถือว่าผิดวัตถุประสงค์ที่ประกาศไว้ตั้งแต่ต้นของการชุมนุม
5. กลุ่มนายทหาร จปร.ที่ใกล้ชิด พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งต้องการใช้เสธ.แดง เป็นชนวนสงครามการเมือง เพราะเชื่อว่า หาก เสธ.แดง เสียชีวิต จะมีการโยนความผิดไปให้รัฐบาลและกองทัพ อีกทั้งยังเป็นการปลุกระดมกลุ่มคนเสื้อแดงให้ต่อสู้ต่อไป
6. กลุ่มการเมืองที่จะได้ประโยชน์จากสถานการณ์แห่งความขัดแย้งเพราะการยิง "เสธ.แดง" โดยเชื่อว่าการเสียชีวิตของ เสธ.แดง จะนำไปสู่การเผชิญหน้าระหว่างกลุ่มคนเสื้อแดงกับรัฐบาล

นอกเหนือจาก 6 โจทก์ที่น่าจะเป็นมูลเหตุทำให้เสธ.แดงถูกลอบยิงแล้ว ยังมีมูลเหตุอีก ดังนี้

1. หน่วยงานที่ควบคุมสถานการณ์ขณะนั้น คือ ศูนย์อำนวยการและแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉิน ซึ่งอาจจะมองแบบยุทธวิธีว่า เสธ.แดงคือแม่ทัพของกลุ่มเสื้อแดง ถ้าเสื้อแดงไม่มีแม่ทัพแล้วจะทำให้ฝ่าย ศูนย์อำนวยการและแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉิน เป็นต่อทางยุทธวิธี และการตายของเสธ.แดง อาจจะทำให้สลายผู้ชุมนุมง่ายขึ้น
2. เหตุ ร.อ.ทรงกลด ชื่นชูผล ได้ให้สัมภาษณ์กับสื่อมวลชน ว่า[7] "ผมว่าปล่อย เสธ.แดงปลุกระดมคนไปเรื่อยๆ เหตุการณ์จะรุนแรงกว่านี้ ผมว่าวิธีที่จะตัดไฟแต่ต้นลม คือจัดการ เสธ.แดงไปซะ" ทั้งนี้ ร.อ.ทรงกลด ชื่นชูผล สมัยเรียนโรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้า ได้เคยเป็นลูกศิษย์ของเสธ.แดงมาก่อน แต่ด้วยความคิดเห็นทางการเมืองที่แตกต่างกันจึงทำให้ยืนอยู่ฝั่งตรงข้ามกัน
3. เหตุพิพาทกับ พล.ต.อ.เสรีพิศุทธ์ เตมียาเวส เรื่องคดีบ่อนประตูน้ำ ที่เสธ.แดงเข้าไปช่วยเหลือผู้ต้องหาในคดี จึงเป็นเหตุให้ตอบโต้ผ่านสื่อจนสุดท้ายการเป็นคดีฟ้องร้องหมื่นประมาทกันในศาล